Обычно, чтобы досрочно прекратить трудовой договор с руководителем по инициативе учредителей, используется основание увольнения в связи с принятием решения уполномоченным органом, собственником имущества организации или уполномоченным им лицом (органом). Например, в ООО такое решение может быть принято общим собранием участников.
Далее оформите стандартные документы об увольнении, в частности, издайте приказ и внесите запись в трудовую книжку. При расчете учтите, что руководителю в некоторых случаях полагается компенсация при увольнении.
Отметим, что по инициативе учредителей вы можете уволить руководителя и по иным основаниям, например в связи со сменой собственника имущества организации.